הביקורת הפנימית במועצה האזורית דרום השרון מתנהלת בהתאם ל"צו המועצות המקומיות (מועצות אזוריות) תשי"ח 1958" ובהתאם ל"חוק הביקורת הפנימית, תשנ"ב 1992". עבודת הביקורת מבוצעת על ידי מבקר פנימי שהמועצה שוכרת את שירותיו, בתיאום ובסיוע של ועדת ביקורת.

הביקורת הפנימית הינה פעילות של בחינה והערכה בלתי תלויה לפעולות המועצה ופעולות נושאי משרה וממלאי התפקידים השונים. מטרתה של הביקורת לקבוע כי פעולות אלה תקינות מבחינת החוק, נעשו בידי בעלי הסמכות ובשמירה על מנהל תקין, טוהר המידות, יעילות, חסכון, אפקטיביות (מועילות). כן נבדק האם מקיימים כללי מנהל תקין בהשגת היעדים התואמים את המטרות שהוצבו במועצה וכן שמשרתים את כלל הציבור, בהתאם לנורמות ולתקנים שנקבעו.

במועצה קיימת תוכנית עבודה רב-שנתית ושנתית של הביקורת הפנימית. בקביעת תוכנית העבודה משתתפים מבקר המועצה, ועדת הביקורת וראש המועצה. ביצוע הביקורת נקבע על פי סדר קדימויות ומורכב ממטלות ביקורת - בכללן ביקורת של פעולות או נושא מוגדר. ביקורת מעקב מבוצעת על יישום ותיקון הליקויים שהוערו בדו"חות הביקורת של מבקר המועצה, ועדת ביקורת, רואה חשבון מטעם משרד הפנים ומבקר המדינה. בהנחיית ראש המועצה, הוקם צוות מעקב לישום המלצות המבקר. הצוות כולל את גזבר ומזכיר המועצה, היועצת המשפטית של המועצה ומנהל היחידה לתכנון אסטרטגי.