המחלקה המוניצפאלית במועצה האזורית דרום השרון מרכזת את הטיפול בנושאים רבים ומגוונים הקשורים ביישובי המועצה ובתושביה:

• דוחות כספיים ודוחות ביקורת: בעקבות התיקון לצו המועצות המקומיות (מועצות אזוריות) מחויבים הוועדים המקומיים בהגשת דוחות כספיים ודוחות ביקורת לעיונה ואישורה של המועצה האזורית. המחלקה מרכזת את הבקרה והביקורת של הוועדים המקומיים.
• ריכוז נושאי כוח אדם בשעת חירום ביישובים: שיבוץ בעלי תפקידים בהתאם לתקני משרד העבודה
• ריכוז נושאי חקלאות בשעת חירום: ריכוז אמצעי מיגון לעובדים זרים, יידוע חקלאים בנושא מלאי מים ומזון לבעלי חיים, מלאי הדלק ולפעילות החקלאית השוטפת.
• טיפול שוטף בבעיות החקלאיות ופ.ל.ח: המחלקה משמשת כמתאמת בין היישובים והחקלאים הבודדים לבין משרד החקלאות בנושאי חקלאות ומים ואחראית על תפקודה של הוועדה החקלאית במועצה.
• תחבורה ציבורית: המחלקה משמשת כחוליית קישור בין היישובים ודרישותיהם לבין חברות התחבורה הפועלות בשטחי המועצה - חברות "אגד", "דן" ו"קווים" .
• ריכוז נושא בריאות הציבור וחללים בשעת חירום.
• ריכוז פעילות בתחום תיירות כפרית.

באופן כללי, המחלקה המוניציפלית משמשת כחוליית קישור בין היישובים לקופות החולים, עזרה הדרכה וליווי לאנשים המבקשים הנחיות לגבי פעילות כלכלית לא-חקלאית. המחלקה מטפלת בנושאי ארכיאולוגיה ומקומות קדושים בתחום המועצה, קשר עם רשות הדואר וריכוז ועדת הבטיחות וועדת השמות.